This work describes a fast implementation of a software algorithm associated with determination of protein secondary structure based on the Define Secondary Structure of Proteins (DSSP) algorithm. This implementation is fully compatible with the DSSP v.4 and DSSP v.2 algorithms and implemented as a native GROMACS trajectory analysis module, which allows us to analyze molecular dynamics trajectories without any restrictions of the original DSSP implementation. This implementation works much faster than the original DSSP v.4 and DSSP v.2 algorithms.

中文翻译：

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GROMACS 中的 DSSP：定义轨迹中蛋白质二级结构的工具

这项工作描述了一种与基于定义蛋白质二级结构 (DSSP) 算法的蛋白质二级结构测定相关的软件算法的快速实现。该实现与 DSSP v.4 和 DSSP v.2 算法完全兼容，并作为本地 GROMACS 轨迹分析模块实现，这使我们能够分析分子动力学轨迹，而不受原始 DSSP 实现的任何限制。此实现的工作速度比原始 DSSP v.4 和 DSSP v.2 算法快得多。